BigMHC: ML-модель предсказания неоантигенов точнее NetMHC в 1,8 раза

Главная ошибка при разработке неоантигенных вакцин — неточное предсказание какие пептиды действительно связываются с HLA. Новая модель BigMHC меняет этот подход.

Архитектура

BigMHC — трансформер с self-attention, обученный на 11 миллионах валидированных HLA-пептидных комплексов из IEDB. Поддерживает все 5 классов HLA-I и большинство HLA-II.

Сравнение

• NetMHCpan-4.1: AUC 0,71;
• MHCflurry-2.0: AUC 0,77;
• BigMHC: AUC 0,90.

Применение в вакцинах

Использование BigMHC снижает количество «пустых» пептидов в неоантигенных вакцинах с 70% до 25%, что критически важно для эффективности.

Реагенты для иммунопептидомики (HLA-IP антитела, масс-спектрометрические стандарты) — в нашем каталоге.